הנהלת המרכז התורני מחויבת להתנהלות כספית קפדנית, שקיפות מלאה מול התורמים, ופיקוח של רואה חשבון ורשם העמותות.
תרומה למרכז התורני מוכרת לצרכי מס. אדם פרטי או חברה התורמים לעמותה זכאים לזיכוי מס בגובה 35% מכלל התרומה (או הטבת מס חברות בהתאם לחוק), מה שמאפשר להגדיל את התמיכה בפעילות הקודש.
עבור תורמים המעדיפים להעביר סכומים גדולים ללא עמלות סליקה.
ניתן לצפות בדוחות המילוליים והכספיים של השנים הקודמות באתר גיידסטאר.